A la ciudad de Mercedes llegaron primero otras dos líneas, ambas de trocha ancha: el Ferrocarril Oeste (1865) y el Ferrocarril Buenos Aires al Pacífico (1884). Para cruzarlas el CGBA debió construir un puente, haciéndolo en un punto donde los dos ferrocarriles anteriores marchaban en paralelo uno al lado del otro. El inicio del terraplén para ganar altura comenzaba algunas cuadras después de la estación Altamira. Tras sortear el corredor de los ferrocarriles Oeste y Buenos Aires al Pacífico, el CGBA continuaba elevado y desarrollaba una amplia curva hacia el oeste, sin invadir el ejido urbano, hasta ponerse otra vez a nivel e ingresar al cuadro de su estación propia; luego de esta empezaba otra curva, de sentido contrario, en dirección a las siguientes estaciones (Desvío Kilómetro 125, Espora, Tuyutí, etcétera).
El edificio de Mercedes es el típico de dos pisos, aunque de dimensiones más grandes para albergar otras oficinas. En una de ellas funciona actualmente la emisora de FM Radio Vida, 104.3 Mhz.
Por el art. 12 de la ley 4417 se autorizaba la construcción, previa aprobación de los planos, de un ramal de Mercedes al río Paraná de las Palmas, con terminal en Campana; pero al igual que otros ramales concedidos al CGBA nunca habría de concretarse.
